En el BEN se encuentran representadas 6 de las 12 zonas de vida presente en Costa Rica, así como una gran variedad de hábitat que van de los 450 a los 1.800 metros sobre el nivel del mar. La riqueza de su diversidad biológica está bien documentada por numerosos estudios científicos. Se han registrado 60 especies de anfibios, 101 de reptiles, 425 de aves, y 121 especies de mamíferos lo que representan el 50.5% del total de estas especies vertebrados terrestres en Costa Rica. También se protege el hábitat del el jaguar, pájaro sombrilla y el pájaro campana y especies de anfibios únicos de nuestro país son sólo unos cuantos ejemplos. Sin embargo, existen otras especies de árboles, orquídeas, bromelias, insectos, anfibios y reptiles de igual importancia. La danta, que es el mamífero terrestre más grande de Costa Rica, es muy abundante en nuestros bosques. Por esta razón junto con su cría figuran en el logo de la ACM como símbolo de grandeza y vulnerabilidad.